R 安装和管理¶

脚注

(1)

例如，GNU tar 版本 1.15 或更高版本，或来自 ‘libarchive’（如 macOS 上使用）或 ‘Heirloom Toolchest’ 发行版。

(2)

对于某些 Subversion 客户端，‘http:’ 似乎可以工作，但需要持续重定向。

(3)

也称为 ‘Apple Silicon’，有些人称之为 ‘arm64-apple-darwin’。

(4)

在 R 4.3.0 之前，空格是被不鼓励但允许的。

(5)

使用 lib 而不是 lib64 作为其主要 64 位库目录：尝试检测此类系统。

(6)

不是由 macOS 提供的版本。

(7)

有关如何安装最新版本的说明，请访问 https://www.ctan.org/tex-archive/fonts/inconsolata/。

(8)

在类 Unix 系统上，如果 configure 未找到，则省略 “inconsolata”。

(9)

如果要安装多个子体系结构，则需要这样做。

(10)

可能的值为 “i386”、“x64”、“32” 和 “64”。

(11)

主要是在 RedHat 和 Fedora 上，其布局在此处描述。

(12)

有关如何准备此类目录的说明，请参阅 R 源代码中的 src/extra/tzone/Notes 文件。

(13)

但在 Windows 上，在带重音的拉丁字母 1 字符上使用大小写转换函数时，会出现问题。

(14)

例如，-fopenmp、-fiopenmp、-xopenmp 或 -qopenmp。这包括 clang 以及 Intel 和 Oracle 编译器。

(15)

这并不一定禁用 OpenMP 的 使用 - configure 代码允许在没有标志的情况下使用 OpenMP 的平台。对于 2017 年底的 flang 编译器，Fortran 运行时始终使用 OpenMP。

(16)

然后，作为 R 安装的一部分安装的推荐包使用 LTO，但后来安装的包则不使用。

(17)

完整的 CRAN 安装从 50 GB 减少到 35 GB。

(18)

虽然可以选择排除 Fortran，但这会错过一些好处。

(19)

不是 NM，因为我们发现 make 覆盖了它。

(20)

可能还有 8.4 及更高版本。

(21)

有报告称，在制作 NEWS.pdf 时，当 “MiKTeX” 安装附加包时，会出现段错误：重新运行 make 似乎可以解决此问题。

(22)

您可能需要在首次使用时安装 Rosetta - https://support.apple.com/en-us/HT211861 - 这可能需要管理员权限。

(23)

截至撰写本文时，版本为 2.8.5 或更高版本。

(24)

安装程序将 R 和 Rscript 的链接放在 /usr/local/bin 中。如果这些链接丢失或不在您的路径中，您可以直接运行 /Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin 中的副本，或者将它们链接到您路径中的某个位置。

(25)

截至撰写本文时：使用 pkgutil --pkgs | grep -i org.r-project 检查。

(26)

更准确地说，是同名 Apple 包：这意味着 Intel 和 ARM 版本可以一起安装。

(27)

包括 Linux 上的 GCC 9。

(28)

在 Windows 上，如果包含空格的路径不包含空格，则该路径将被替换为“短路径”版本。

(29)

除非它们在构建中被排除在外。

(30)

它的绑定在读取启动文件后被锁定，因此用户无法轻松更改它。有关如何使用新值的说明，请参见 ?.libPaths。

(31)

如果需要设置代理，请参见 ?download.file。

(32)

对于少数已知安全的 CRAN 包，并且自动构建器需要这些包，这是默认设置。查看 tools:::.install_packages 的源代码以获取列表。它也可以在包的 DESCRIPTION 文件中指定。

(33)

请注意，大小写和版本控制可能与开源项目不同。

(34)

从 Big Sur 开始，这些库对公众不可见：系统编译器链接到“基于文本的定义”（.tbd）文件。

(35)

使用包含空格的路径可能会导致问题。

(36)

它们需要使用 -headerpad_max_install_names 创建，这是 R 包的默认设置。

(37)

“X/Open 可移植性指南”，该指南已发布多个版本。

(38)

在某些系统上，将 LC_ALL 或 LC_MESSAGES 设置为“C”会禁用 LANGUAGE。

(39)

如果您尝试从法语更改为俄语，但不在 UTF-8 本地化中，您可能会发现消息更改为英语。

(40)

在英国使用的语言：一些居住在美国的人将此名称用于他们的语言。

(41)

带有美国英语。

(42)

也称为 IEEE 754

(43)

至少在存储数量时：允许 FPU 上的精度变化。

(44)

例如贝塞尔、贝塔和伽马函数。

(45)

包括将 MkRules.dist 复制到 MkRule.local 并选择体系结构。

(46)

也称为 IEEE 754

(47)

请注意，C11 编译器不必兼容 C99：R 需要支持 double complex 和可变长度数组，它们在 C11 中是可选的，但在 C99 中是强制性的。C17（也称为 C18，因为它是在 2018 年发布的）是 C11 的“错误修复版本”，它澄清了标准。但是，所有已知的最新 C11 或 C17 模式编译器都兼容 C99，并且大多数默认使用 C17。

(48)

例如 -std=gnu99、-std=c99 和 -c99。

(49)

但是，可以通过重新指定要加载的 gconv 模块来破坏 glibc 的默认行为。

(50)

具体来说，是 wchar.h 和 wctype.h 头文件中的 C99 功能，wctans_t 和 mbstate_t 类型以及 mbrtowc、mbstowcs、wcrtomb、wcscoll、wcstombs、wctrans、wctype 和 iswctype 函数。

(51)

包括 expm1、hypot、log1p、nearbyint 和 va_copy。

(52)

包括 opendir、readdir、closedir、popen、stat、glob、access、getcwd 和 chdir 系统调用，在类 Unix 系统上使用 select，以及 putenv 或 setenv。

(53)

例如 realpath、symlink。

(54)

通常作为 xz 的一部分进行分发：在 Linux 发行版中可能使用的名称包括 xz-devel/xz-libs 和 liblzma-dev。

(55)

例如，要指定使用同时包含共享库和静态库的构建进行静态链接。

(56)

例如 GNU tar 1.15 或更高版本、bsdtar（来自 https://github.com/libarchive/libarchive/，在 FreeBSD 和 macOS 10.6 及更高版本中用作 tar）或 Heirloom Toolchest 中的 tar (https://heirloom.sourceforge.net/tools.html)，尽管后者不支持 xz 压缩。

(57)

texi2dvi 通常是一个 shell 脚本。通过将环境变量 R_TEXI2DVICMD 设置为 emulation 值，可以规避在损坏的 texi2dvi 版本中观察到的某些问题。

(58)

如果需要，可以通过在 config.site 中设置 PKG_CONFIG 环境变量，在 configure 命令行中设置，或在环境中设置来指定 pkg-config 的路径。如果 pkg-config 已安装但未链接到 pkg-config，则可以使用名为 pkgconf 的兼容重新实现。

(59)

在 Debian/Ubuntu 中也称为 ttf-mscorefonts-installer：另请参见 https://en.wikipedia.org/wiki/Core_fonts_for_the_Web。

(60)

ttf-liberation 在 Debian/Ubuntu 中。

(61)

包括 Fedora 使用的。

(62)

R 使用 rpc/xdr.h，但它包含来自顶级 tirpc 目录的 netconfig.h。

(63)

即使在 macOS 上的“Aqua”版本的 Tk 中也是如此，但该版本的发布版包含了所需的 X11 文件副本。

(64)

当前的搜索顺序是 OpenBLAS、BLIS、ATLAS、特定于平台的选择（见下文），最后是通用的 libblas。

(65)

使用 Oracle Developer Studio cc 和 f95 编译器

(66)

要查看已针对哪些 CPU 优化了分布式库，唯一的方法是阅读 atlas.spec 文件。

(67)

https://math-atlas.sourceforge.net/atlas_install/

(68)

https://math-atlas.sourceforge.net/faq.html#tnum

(69)

（以及更多，例如 64 位整数和静态版本）。

(70)

如今被称为“英特尔 oneAPI 数学内核库”或“oneMKL”。

(71)

macOS 的问题一直是使用双复数例程。

(72)

ATLAS、OpenBLAS 和 Accelerate。

(73)

我们在“i686”Linux 上测量了 15-20%，在“x86_64”Linux 上测量了 10% 左右。

(74)

我们认为 3.4.0 到 3.19.0 版本是兼容的。

(75)

在 2021 年底修订本段时，autoconf-2.71 和 automake-1.16.5。随后测试了 autoconf-2.72。

(76)

那里的链接很难访问，在这种情况下，请获取在 https://developer.r-project.org/noweb-2.11b.tgz 中提供的副本。

(77)

大多数基于 clang 的编译器给出 4，但 FreeBSD 分发的编译器除外。英特尔的 icx 在 2023 年报告了 12。

(78)

例如，无法加载大小为 14 的 X11 字体。

(79)

例如，glibc：其他 C 库，如 musl（Alpine Linux 使用）已被使用，但没有经过常规测试。

(80)

可能所有从 2005 年开始的，包括奔腾 4 和所有使用 32 位编译器的“x86_64”CPU。

(81)

这还需要 OpenMP 运行时，有时它会单独分发。

(82)

正如编译器在 Windows 上所知。

(83)

如果 R 是从 R 4.3.0 开始从 CRAN 安装的，它将。

(84)

如果从源代码在 ‘arm64’ 上编译，pcre2（至少到 10.39 版本）需要在没有 JIT 支持的情况下构建（默认情况下），因为如果启用了 JIT 支持，R 构建会发生段错误，因此请在您的构建上运行 make check。

(85)

出于许可原因，这是 readline 的 5.2 版本：对于那些想要更新版本的人来说，从其源代码编译它很简单。

(86)

在终端中使用 ls -l `xcrun -show-sdk-path` 将显示您选择了哪个 SDK。

(87)

参见 https://developer.apple.com/documentation/xcode/notarizing_macos_software_before_distribution。

(88)

使用 gcc 10.2。

(89)

https://developer.apple.com/documentation/accelerate.

(90)

据报道，对于某些非 Apple 工具链，CPPFLAGS 需要包含 -D__ACCELERATE__：对于来自 LLVM 的 clang 则不需要。

(91)

https://cran.r-project.cn/bin/macosx/RMacOSX-FAQ.html#Which-BLAS-is-used-and-how-can-it-be-changed_003f

(92)

例如，https://en.wikipedia.org/wiki/Grand_Central_Dispatch 。

(93)

可以通过 Unix TeX Live 安装脚本获得一个基本等效的 TeX 安装。

(94)

例如，通过 tlmgr install helvetic inconsolata texinfo 。

(95)

添加检查 CRAN 所需的所有软件包，这将增加到大约 600MB。

(96)

只需从 R 的安装程序中选择该组件即可：在“安装类型”屏幕中选择“自定义”，然后仅选择“Tcl/Tk 8.6.11”组件。

(97)

使用 --enable-aqua 配置 Tk。

(98)

在不太可能的情况下，如果报告的版本没有以 1.8.0、11 或更高版本开头，则需要更新您的 Java。

(99)

在撰写本文时，对于 ‘arm64’ 来说，还没有。